La struttura denominata “Casa del Boia” nacque come bastione difensivo nelle cosiddette “Mura dei Borghi”, costruite nel Trecento a tutela della parte più nuova della città.

Intorno alla torretta originaria venne poi eretto, intorno al 1524, il Torrione del “Bastardo” che costituisce il basamento dell’attuale struttura. Nel 1570 venne aggiunta una cannoniera e successivamente venne costruito il vicino baluardo San Salvatore. Nei primo seicento furono poi realizzati i piani superiori.

La casa venne assegnata intorno al 1825 a Tommaso Jona, 52enne aiuto boia a Roma.

L’esigenza di far arrivare a Lucca questa figura nacque dopo che il Codice Napoleonico ebbe inasprito le pene, facendo così lievitare il costo del noleggio di boia e ghigliottina da Pisa, come veniva fatto fino ad allora. Venne così ordinata una ghigliottina a Firenze, ma non si trovò alcun lucchese disposto a manovrarla.

Venne così chiamato Jona, al quale fu assegnata, come abitazione, il bastione  sulle Mura.

Ma nemmeno al nominato boia rimano toccò mai di esercitare la propria professione, dato che l’unica condanna prevista nel 1831 fu rimandata e mai eseguita.

E quando, nel 1845, furono fissate cinque esecuzioni contemporanee, Jona, ormai troppo vecchio, diede le dimissioni e si dovette far arrivare un altro boia da Parma.

Nel 1847, poi, la ghigliottina fu bruciata a furor di popolo e la lama gettata in mare a Viareggio.

Da quel momento la Casa del Boia venne lasciata a un lento ed inesorabile declino e mai utilizzata per nessuno scopo.

Lo studio ne ha seguito il recupero ed il restauro funzionale a Museo.